- Sở Giao thông vận tải tỉnh Hậu Giang được thành lập tại Quyết định số 16/2008/QĐ-UBND ngày 18 tháng 4 năm 2008 của UBND tỉnh Hậu Giang về việc thành lập Sở Giao thông vận tải tỉnh Hậu Giang.
- Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Sở được quy định tại Quyết định số 37/2015/QĐ-UBND ngày 25 tháng 12 năm 2015 của UBND tỉnh Hậu Giang và Quyết định số 12/2020/QĐ-UBND ngày 27 tháng 5 năm 2020 của UBND tỉnh Hậu Giang về việc sửa đổi, bổ sung khoản 2, khoản 3 Điều 3 Quyết định số 37/2015/QĐ-UBND ngày 25 tháng 12 năm 2015 của Ủy ban nhân dân tỉnh Hậu Giang về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Giao thông vận tải tỉnh Hậu Giang;
Hiện tại Sở có 05 đơn vị tham mưu tổng hợp chuyên môn, nghiệp vụ với 45 biên chế hành chính và 01 đơn vị sự nghiệp trực thuộc với 25 biên chế sự nghiệp, gồm:
- Các đơn vị tham mưu tổng hợp chuyên môn, nghiệp vụ:
+ Văn phòng;
+ Phòng Kế hoạch kỹ thuật;
+ Phòng Quản lý hạ tầng giao thông;
+ Phòng Quản lý vận tải, phương tiện và người lái;
+ Thanh tra Giao thông vận tải;
- Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc:
+ Đoạn Quản lý giao thông thủy bộ.